Tras dar por concluido un ciclo de extrema tensión con la hinchada del Chelsea, el volante campeón del mundo en Qatar 2022 desembarcó en el conjunto comandado por Enzo Maresca a cambio de una cifra cercana a los 146 millones de euros, lo que convierte a la transacción en el traspaso más caro en la historia de la Premier League y el cuarto más abultado en los registros del fútbol mundial.
El volante de 25 años selló un contrato con la institución de Manchester que se extenderá hasta 2032. El multimillonario fichaje tendrá además un fuerte impacto positivo en las arcas de River Plate: la entidad de Núñez recibirá aproximadamente 6,3 millones de euros (4,5% del monto total) en concepto de mecanismo de solidaridad. La transferencia se aceleró tras romperse la relación entre el jugador y los simpatizantes del Chelsea, quienes llegaron a silbarlo durante un amistoso previo frente a la Real Sociedad pese a su rol de capitán. Tras ausentarse en los últimos dos compromisos de los "Blues", Fernández se reencuentra con Maresca, quien ya lo dirigió durante su etapa en la capital inglesa.
A pesar del cierre tirante con la tribuna, el argentino dedicó un mensaje de agradecimiento en sus redes sociales para despedirse del club londinense, donde acumuló tres años y medio de competencia con 170 partidos jugados, 31 goles, 30 asistencias y los títulos obtenidos en la Conference League 2025 y el Mundial de Clubes 2025. Con este traspaso, la venta de Enzo Fernández se posiciona en el cuarto lugar del ranking mundial de pases, ubicándose únicamente por detrás de Neymar al PSG (222M€), Kylian Mbappé al PSG (180M€) y Ousmane Dembélé al Barcelona (148M€).